Die Fakultät für Chemie wurde im Oktober 2004 mit der Implementierung des Universitätsgesetz 2002 als eigene "Organisationseinheit" gegründet. Zuvor waren die chemischen Institute als Fachgruppe innerhalb der Fakultät "für Naturwissenschaften und Mathematik" organisiert.

Der Großteil der zugeordneten Räumlichkeiten - Büros, Laboratorien, Hörsäle ... - ist im historischen Gebäudekomplex "Neue Chemie" zwischen Strudlhofgasse, Boltzmanngasse und Währinger Straße untergebracht. Einige Institute befinden sich an anderen Standorten im 9. Bezirk in Wien.

Traditionell sind Lehre und Forschung an der Universität Wien komplementär zu den chemischen Angeboten an der Technischen Universität bzw. der Universität für Bodenkultur. Ein traditionell reichhaltiger wissenschaftlicher Austausch ist Nachweis für die gute Kooperation.