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Univ.-Prof. Dipl.-Phys. Dr. Ivo Hofacker
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Wintersemester 2022
270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge
Sommersemester 2022
270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge



Mueller, T., Miladi, M., Hutter, F., Hofacker, I., Will, S., & Backofen, R. (2020). The locality dilemma of Sankoff-like RNA alignments. Bioinformatics, 36, I242-I250. https://doi.org/10.1093/BIOINFORMATICS/BTAA431

Petrackova, D., Farman, M. R., Amman, F., Linhartova, I., Dienstbier, A., Kumar, D., Drzmisek, J., Hofacker, I., Eugenia Rodriguez, M., & Vecerek, B. (2020). Transcriptional profiling of human macrophages during infection with Bordetella pertussis. RNA Biology, 17(5), 731-742. https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1727694

Kim, D. N., Thiel, B. C., Mrozowich, T., Hennelly, S. P., Hofacker, I. L., Patel, T. R., & Sanbonmatsu, K. Y. (2020). Zinc-finger protein CNBP alters the 3-D structure of lncRNA Braveheart in solution. Nature Communications, 11(1), [148]. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13942-4

Waldl, M., Will, S., Wolfinger, M. T., Hofacker, I. L., & Stadler, P. F. (2020). Bi-alignments as models of incongruent evolution of RNA sequence and secondary structure. in P. Cazzaniga, D. Besozzi, I. Merelli, & L. Manzoni (Hrsg.), Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics: 16th International Meeting, CIBB 2019, Revised Selected Papers (Band 12313, S. 159-170). Springer. Lecture Notes in Computer Science Band 12313 https://doi.org/10.1007/978-3-030-63061-4_15

Lorenz, R., Flamm, C., Hofacker, I. L., & Stadler, P. F. (2020). Efficient Computation of Base-pairing Probabilities in Multi-strand RNA Folding. in E. DeMaria, A. Fred, & H. Gamboa (Hrsg.), Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies: Volume 3: BIOINFORMATICS, 23-31, 2020 , Valletta, Malta (S. 23-31). SciTePress. https://doi.org/10.5220/0008916600230031



Deforges, J., Reis, R. S., Jacquet, P., Sheppard, S., Gadekar, V. P., Hart-Smith, G., Tanzer, A., Hofacker, I. L., Iseli, C., Xenarios, I., & Poirier, Y. (2019). Control of Cognate Sense mRNA Translation by cis-Natural Antisense RNAs. Plant Physiology, 180(1), 305-322. https://doi.org/10.1104/pp.19.00043

Kiening, M., Ochsenreiter, R., Hellinger, H-J., Rattei, T., Hofacker, I., & Frishman, D. (2019). Conserved Secondary Structures in Viral mRNAs. Viruses, 11(5), [401]. https://doi.org/10.3390/v11050401



Gelhausen, R., Will, S., Hofacker, I. L., Backofen, R., & Raden, M. (2019). Constraint maximal inter-molecular helix lengths within RNA-RNA interaction prediction improves bacterial sRNA target prediction. in E. De Maria, A. Fred, & H. Gamboa (Hrsg.), PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON BIOMEDICAL ENGINEERING SYSTEMS AND TECHNOLOGIES, VOL 3 (BIOINFORMATICS): Part of 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 20192019 (S. 131-140). SciTePress. https://doi.org/10.5220/0007689701310140


Dienstbier, A., Pouchnik, D., Wildung, M., Amman, F., Hofacker, I. L., Parkhill, J., Holubova, J., Sebo, P., & Vecerek, B. (2018). Comparative genomics of Czech vaccine strains of Bordetella pertussis. Pathogens and Disease, 76(7), [fty071]. https://doi.org/10.1093/femspd/fty071




MODELING THE KINETICS OF RNA-RNA INTERACTION FORMATION

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

17 Nov. 2021

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Prediction of co-transcriptional RNA folding for Modeling Riboswitches

Ivo Hofacker (Keynote speaker)

7 Okt. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in), Michael Thomas Wolfinger (Autor*in), Ivo Hofacker (Autor*in) & Peter Stadler (Autor*in)

30 Sep. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Co-transcriptional RNA folding kinetics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

9 Sep. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Autor*in), Sebastian Will (Autor*in), Michael Thomas Wolfinger (Autor*in), Ivo Hofacker (Vortragende*r) & Peter Stadler (Autor*in)

4 Sep. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Human & Bordetella pertussis co-expression networks

Mariam Rukhama Farman (Vortragende*r) & Ivo Hofacker (Autor*in)

10 Feb. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Computational Approaches to RNA Folding Kinetics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

15 Jan. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


RNA secondary Structures

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Jan. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

1 Okt. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

25 Sep. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Co-transcriptional Folding Kinetics and Riboswitch Modeling

Ivo Hofacker (Invited speaker)

15 Juli 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


RNA 2D folding Dynamics and 3D Structure Prediction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

26 Mai 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Coarse Grain 3D RNA Structure Prediction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Apr. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Biology with RNA Structures, Interactions, and Dynamics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

9 Jan. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Beyond RNA secondary structure

Ivo Hofacker (Invited speaker)

28 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


siRNA and Oligo Design

Ivo Hofacker (Invited speaker)

25 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA folding kinetics and energy landscapes

Ivo Hofacker (Invited speaker)

24 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Energy directed RNA folding

Ivo Hofacker (Invited speaker)

23 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico Annotation of noncoding RNAs and their Targets

Ivo Hofacker (Invited speaker)

11 Apr. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Beyond RNA secondary structure:G-quadruplexes and non-canonical pairs

Ivo Hofacker (Invited speaker)

26 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Predicting Targets and Effects of Bacterial small RNAs

Ivo Hofacker (Invited speaker)

4 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Predicting functional RNA structures

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

11 Okt. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Folding with Fancy Constraints -Secondary Structures from Probing Data

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

24 Juli 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Structures, Interactions, and Folding Kinetics

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

4 Juli 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Folding Kinetics and Energy Landscapes for RNA Secondary Structures

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

21 Juni 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA in silico: Bioinformatik im postgenomischen Zeitalter

Ivo Hofacker (Invited speaker)

9 Mai 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Folding Kinetics and Dynamic Landscapes

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

20 Jan. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Advances in RNA Bioinformatics. Prediction of RNA Structures, Interactions, and Folding Kinetics

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

19 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The art of RNA homology search

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

15 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Prediction of bacterial small RNA targets

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

16 Juli 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Micro RNA Discovery in Sequencing Data without a Genome

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

15 Juli 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Beyond secondary structures: Predicting non-canonical pairs

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

26 Mai 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico annotation of noncoding RNAs and their targets

Ivo Hofacker (Vortragende*r)

13 Mai 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Folding Dynamics -- trajectories and landscapes

Ivo Hofacker (Invited speaker)

30 Apr. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Genefinding

Ivo Hofacker (Invited speaker)

28 Apr. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Energy Landscapes for RNA Folding: Time- dependent Landscapes and 2D Projections

Ivo Hofacker (Invited speaker)

5 Aug. 2009

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for the Modern RNA World:From Gene Finding to Function

Ivo Hofacker (Invited speaker)

9 Juli 2009

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Detection, annotation, and target search for noncoding RNAs

Ivo Hofacker (Invited speaker)

26 Jan. 2009

Aktivität: VorträgeVortragAndere


ncRNA Annotation and Target Prediction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

13 Jan. 2009

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Bioinformatics: From structure prediction to RNA gene finding

Ivo Hofacker (Invited speaker)

12 Nov. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Introduction to non-coding RNA gene finding

Ivo Hofacker (Invited speaker)

19 Juli 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From noncoding RNA Search to Annotation

Ivo Hofacker (Invited speaker)

28 Apr. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Prediction of ncRNA Interaction Targets

Ivo Hofacker (Invited speaker)

28 Apr. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Structure thermodynamics, basic folding

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Apr. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Solving RNA bioinformatics problems using the Vienna RNA Package

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Apr. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Stochastic Models, HMMs, SCFGs, and model training

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Apr. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Detection and Analysis of noncoding RNAs

Ivo Hofacker (Invited speaker)

4 Feb. 2008

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Prediction of RNA-RNA interaction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

29 Okt. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Prediction of RNA-RNA interaction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

20 Okt. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Detection and Annotation of Non-Coding RNAs

Ivo Hofacker (Invited speaker)

30 Sep. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Basic Algorithms in RNA Bioinformatics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

17 Sep. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Noncoding RNAs in Bacteria

Ivo Hofacker (Invited speaker)

17 Sep. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


RNA Bioinformatics -- An Overview

Ivo Hofacker (Invited speaker)

17 Sep. 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Prediction of RNA-RNA interaction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

21 Mai 2007

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Vorhersage von RNA-RNA Interaktionen

Hofacker, I.

1/12/1630/11/20

Projekt: Forschungsförderung


Transcri. Analyse von Bordetell

Hofacker, I.

29/10/1528/10/18

Projekt: Forschungsförderung


RNA-Funktionskontrolle

Hofacker, I.

24/03/1123/03/14

Projekt: Forschungsförderung


nicht kodierende RNAs

Hofacker, I.

1/12/1031/01/19

Projekt: Forschungsförderung


RNA Biologie

Leodolter-Barta, A., von Haeseler, A., Bläsi, U., Görke, B., Hofacker, I. & Moll, I.

1/12/0630/06/21

Projekt: Forschungsförderung


Institut für Theoretische Chemie

Leiter
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1090 Wien
Zimmer: 306/307

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