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Univ.-Prof. Dipl.-Phys. Dr. Ivo Hofacker

T: +43-1-4277-52738

ivo.hofacker@univie.ac.at

http://www.tbi.univie.ac.at/

Sommersemester 2024

053521 VU Sequenz- und Struktur-Bioinformatik

270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270034 PR Praktikum zur Bioinformatik der Nukleinsäuren

270054 VO Bioinformatik der Nukleinsäuren

301578 VO Spezielle Themen der Bioinformatik

301600 UE Bioinformatik-Praktikum II

500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge

Wintersemester 2023

053049 SE Masterseminar

053531 PR Softwareentwicklungsprojekt Bioinformatik

270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270236 PR Praktikum zu Bioinformatischen Problemen aus Chemie und Biologie

270299 VO Informatische Grundlagen für Chemie und Biologie

301590 VU Grundlagen der Bioinformatik

301599 UE Praktikum Bioinformatik

500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge

530009 SE Advanced Topics and Algorithms in Bio- and Cheminformatics

Sommersemester 2023

053521 VU Sequenz- und Struktur-Bioinformatik

270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie

270034 PR Praktikum zur Bioinformatik der Nukleinsäuren

270054 VO Bioinformatik der Nukleinsäuren

301578 VO Spezielle Themen der Bioinformatik

301600 UE Bioinformatik-Praktikum II

500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge

Beckmann-Schneider, I. K., Waldl, M., Will, S., & Hofacker, I. L. (2024). 3D feasibility of 2D RNA-RNA interaction paths by stepwise folding simulations. RNA, 30(2), 113-123. https://doi.org/10.1261/rna.079756.123

Farman, M. R., Petrackova, D., Kumar, D., Drzmisek, J., Saha, A., Curnova, I., Capek, J., Hejnarova, V., Amman, F., Hofacker, I., & Vecerek, B. (2023). Avirulent phenotype promotes Bordetella pertussis adaptation to the intramacrophage environment. Emerging microbes & infections, 12(1), [e2146536]. https://doi.org/10.1080/22221751.2022.2146536

Yao, H. T., Lorenz, R., Hofacker, I. L., & Stadler, P. F. (2023). Mono-valent salt corrections for RNA secondary structures in the ViennaRNA package. Algorithms for Molecular Biology, 18(1), [8]. https://doi.org/10.1186/s13015-023-00236-0

Varenyk, Y., Spicher, T., Hofacker, I. L., & Lorenz, R. (2023). Modified RNAs and predictions with the ViennaRNA Package. Bioinformatics, 39(11), [btad696]. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad696

Waldl, M., Spicher, T., Lorenz, R., Beckmann, I. K., Hofacker, I. L., Von Löhneysen, S., & Stadler, P. F. (2023). Local RNA folding revisited. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 21(4), [2350016]. https://doi.org/10.1142/S0219720023500166

Mrozowich, T., Park, S. M., Waldl, M., Henrickson, A., Tersteeg, S., Nelson, C. R., De Klerk, A., Demeler, B., Hofacker, I. L., Wolfinger, M. T., & Patel, T. R. (2023). Investigating RNA-RNA interactions through computational and biophysical analysis. Nucleic Acids Research, 51(9), 4588-4601. https://doi.org/10.1093/nar/gkad223

Badelt, S., Lorenz, R., & Hofacker, I. L. (2023). DrTransformer: heuristic cotranscriptional RNA folding using the nearest neighbor energy model. Bioinformatics (Oxford, England), 39(1), [btad034]. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad034

Gosavi, D., Wower, I., Beckmann-Schneider, I. K., Hofacker, I. L., Wower, J., Wolfinger, M. T., & Sztuba-Solinska, J. (2022). Insights into the secondary and tertiary structure of the Bovine Viral Diarrhea Virus internal Ribosome Entry Site. RNA Biology, 19(1), 496-506. https://doi.org/10.1080/15476286.2022.2058818

Flamm, C., Wielach, J., Wolfinger, M. T., Badelt, S., Lorenz, R., & Hofacker, I. L. (2022). Caveats to Deep Learning Approaches to RNA Secondary Structure Prediction. Frontiers in bioinformatics, 2, [835422]. https://doi.org/10.3389/fbinf.2022.835422

Zayni, S., Damiati, S., Moreno-Flores, S., Amman, F., Hofacker, I., Jin, D., & Ehmoser, E-K. (2021). Enhancing the Cell-Free Expression of Native Membrane Proteins by In Silico Optimization of the Coding Sequence-An Experimental Study of the Human Voltage-Dependent Anion Channel. Membranes, 11(10), [741]. https://doi.org/10.3390/membranes11100741

Entzian, G., Hofacker, I. L., Ponty, Y., Lorenz, R., & Tanzer, A. (2021). RNAxplorer: harnessing the power of guiding potentials to sample RNA landscapes. Bioinformatics, 37(15), 2126-2133. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab066

Wolfinger, M. T., Ochsenreiter, R. W., & Hofacker, I. (2021). Functional RNA Structures in the 3′ UTR of Mosquito-Borne Flaviviruses. in D. Frishman, & M. Marz (Hrsg.), Virus Bioinformatics Chapman and Hall/CRC. https://doi.org/10.1201/9781003097679

Mueller, T., Miladi, M., Hutter, F., Hofacker, I., Will, S., & Backofen, R. (2020). The locality dilemma of Sankoff-like RNA alignments. Bioinformatics, 36, I242-I250. https://doi.org/10.1093/BIOINFORMATICS/BTAA431

Petrackova, D., Farman, M. R., Amman, F., Linhartova, I., Dienstbier, A., Kumar, D., Drzmisek, J., Hofacker, I., Eugenia Rodriguez, M., & Vecerek, B. (2020). Transcriptional profiling of human macrophages during infection with Bordetella pertussis. RNA Biology, 17(5), 731-742. https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1727694

Kim, D. N., Thiel, B. C., Mrozowich, T., Hennelly, S. P., Hofacker, I. L., Patel, T. R., & Sanbonmatsu, K. Y. (2020). Zinc-finger protein CNBP alters the 3-D structure of lncRNA Braveheart in solution. Nature Communications, 11(1), [148]. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13942-4

Waldl, M., Will, S., Wolfinger, M. T., Hofacker, I. L., & Stadler, P. F. (2020). Bi-alignments as models of incongruent evolution of RNA sequence and secondary structure. in P. Cazzaniga, D. Besozzi, I. Merelli, & L. Manzoni (Hrsg.), Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics: 16th International Meeting, CIBB 2019, Revised Selected Papers (Band 12313, S. 159-170). Springer. Lecture Notes in Computer Science Band 12313 https://doi.org/10.1007/978-3-030-63061-4_15

Lorenz, R., Flamm, C., Hofacker, I. L., & Stadler, P. F. (2020). Efficient Computation of Base-pairing Probabilities in Multi-strand RNA Folding. in E. DeMaria, A. Fred, & H. Gamboa (Hrsg.), Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies: Volume 3: BIOINFORMATICS, 23-31, 2020 , Valletta, Malta (S. 23-31). SciTePress. https://doi.org/10.5220/0008916600230031

Gelhausen, R., Will, S., Hofacker, I. L., Backofen, R., & Raden, M. (2019). INTARNAHELIX-composing RNA-RNA interactions from stable inter-molecular helices boosts bacterial sRNA target prediction. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (JBCB), 17(5), [1940009]. https://doi.org/10.1142/S0219720019400092

Schneider, A. D. B., Ochsenreiter, R., Hostager, R., Hofacker, I. L., Janies, D., & Wolfinger, M. T. (2019). Updated Phylogeny of Chikungunya Virus Suggests Lineage-Specific RNA Architecture. Viruses, 11(9), [798]. https://doi.org/10.3390/v11090798

Deforges, J., Reis, R. S., Jacquet, P., Sheppard, S., Gadekar, V. P., Hart-Smith, G., Tanzer, A., Hofacker, I. L., Iseli, C., Xenarios, I., & Poirier, Y. (2019). Control of Cognate Sense mRNA Translation by cis-Natural Antisense RNAs. Plant Physiology, 180(1), 305-322. https://doi.org/10.1104/pp.19.00043

Computational Estimation of Energy Parameters

Thomas Spicher (Vortragende*r), Ronny Lorenz (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

12 Feb. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Modeling RNA-RNA interaction formation on direct paths

Maria Waldl (Vortragende*r), Ivo Hofacker (Autor*in) & Sebastian Will (Autor*in)

12 Feb. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

The effect of modified nucleotides on secondary structure prediction in tRNA

Yuliia Varenyk (Vortragende*r), Ivo Hofacker (Autor*in), Ronny Lorenz (Autor*in) & Thomas Spicher (Autor*in)

12 Feb. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Predicting the effect of modified nucleotides on RNA structure

Ivo Hofacker (Invited speaker)

26 Okt. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Computational Estimation of Energy Parameters for modified Nucleotides

Thomas Spicher (Vortragende*r), Ronny Lorenz (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

3 Okt. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in), Michael Thomas Wolfinger (Autor*in), Ivo Hofacker (Autor*in) & Peter Stadler (Autor*in)

3 Okt. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Modified nucleotides in RNA secondary structure prediction

Yuliia Varenyk (Vortragende*r), Ivo Hofacker (Autor*in), Ronny Lorenz (Autor*in) & Thomas Spicher (Autor*in)

3 Okt. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

18 Sep. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Features of RNA-RNA interaction kinetics

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

18 Sep. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Simulations of cotranscriptional folding explain the impact of sequence mutations

Stefan Badelt (Vortragende*r), Ronny Lorenz (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

18 Sep. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction

Ivo Hofacker (Keynote speaker)

6 Sep. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

An RNA kinetics ansatz derived from an efficient prediction of RNA pathways

Ivo Hofacker (Invited speaker)

7 Aug. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction

Ivo Hofacker (Invited speaker)

7 Aug. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in), Ivo Hofacker (Autor*in) & Peter Stadler (Autor*in)

7 Aug. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Modeling RNA-RNA interaction formation on direct paths

Maria Waldl (Vortragende*r), Irene Katharina Beckmann-Schneider (Autor*in), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

7 Aug. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

MODELING THE KINETICS OF RNA-RNA INTERACTION FORMATION

Maria Waldl (Vortragende*r), Irene Katharina Beckmann-Schneider (Autor*in), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

17 Nov. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Prediction of co-transcriptional RNA folding for Modeling Riboswitches

Ivo Hofacker (Keynote speaker)

7 Okt. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in), Michael Thomas Wolfinger (Autor*in), Ivo Hofacker (Autor*in) & Peter Stadler (Autor*in)

30 Sep. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Co-transcriptional RNA folding kinetics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

9 Sep. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure

Maria Waldl (Autor*in), Sebastian Will (Autor*in), Michael Thomas Wolfinger (Autor*in), Ivo Hofacker (Vortragende*r) & Peter Stadler (Autor*in)

4 Sep. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Human & Bordetella pertussis co-expression networks

Mariam Rukhama Farman (Vortragende*r) & Ivo Hofacker (Autor*in)

10 Feb. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Computational Approaches to RNA Folding Kinetics

Ivo Hofacker (Invited speaker)

15 Jan. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

RNA secondary Structures

Ivo Hofacker (Invited speaker)

14 Jan. 2019

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

1 Okt. 2018

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens

Maria Waldl (Vortragende*r), Sebastian Will (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

25 Sep. 2018

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Co-transcriptional Folding Kinetics and Riboswitch Modeling

Ivo Hofacker (Invited speaker)

15 Juli 2018

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Identification and Classification of Pseudoknots and their Impact on RNA 3D structure prediction

Irene Katharina Beckmann-Schneider (Vortragende*r), Bernhard Thiel (Autor*in) & Ivo Hofacker (Autor*in)

11 Feb. 2018

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Predicting Pseudoknots in RNA 3D structures

Irene Katharina Beckmann-Schneider (Vortragende*r) & Ivo Hofacker (Autor*in)

2 Okt. 2017

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science