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Univ.-Prof. Dipl.-Ing. Dr. Jürgen Zanghellini
Jürgen Zanghellini
T: +43-1-4277-52306
https://chemnet.univie.ac.at/
Sommersemester 2026
270013 SE Erstellen der Bachelorarbeit B - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270103 PR Wahlfachpraktikum B (Bachelormodul) - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270190 VU Introduction to metabolic modelling
270191 VU Introduction to R
270194 VU *omics Integration
530037 SE Current topics in multi-omics network analysis
Wintersemester 2025
270013 SE Erstellen der Bachelorarbeit B - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270030 VU Cellular energetics
270103 PR Wahlfachpraktikum B (Bachelormodul) - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270214 PR Data science in metabolomics and proteomics in R
270239 PR Data Science in Metabolomics in R
530037 SE Current topics in multi-omics network analysis
Sommersemester 2025
270013 SE Erstellen der Bachelorarbeit B - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270103 PR Wahlfachpraktikum B (Bachelormodul) - Analytische Chemie + Lebensmittelchemie
270190 VU Introduction to metabolic modelling
270191 VU Introduction to R
530037 SE Current topics in multi-omics network analysis
970024 KU univie: summer school Economic Principes in Cell Biology
Karasová, M., Jobst, M., Framke, D., Bergen, J., Meier-Menches, S., Keppler, B., Koellensperger, G., Zanghellini, J., Gerner, C., & Del Favero, G. (2025). Mechanical cues rewire lipid metabolism and support chemoresistance in epithelial ovarian cancer cell lines OVCAR3 and SKOV3. Cell communication and signaling, 23(1), Artikel 193. https://doi.org/10.1186/s12964-025-02144-9
Zehetner, L., Széliová, D., Kraus, B., Hernandez Bort, J. A., & Zanghellini, J. (2025). Multi-omics driven genome-scale metabolic modeling improves viral vector yield in HEK293. Metabolic engineering, 91, 103-118. https://doi.org/10.1016/j.ymben.2025.03.011
Graf, A. C., Libiseller-Egger, J., Gotsmy, M., & Zanghellini, J. (2025). Fedbatchdesigner: A User-Friendly Dashboard for Modeling and Optimizing Growth-Arrested Fed-Batch Processes. ACS Synthetic Biology, 14(8), 3252-3257. https://doi.org/10.1021/acssynbio.5c00357
Klamt, S., Zanghellini, J., & Von Kamp, A. (2025). Minimal cut sets in metabolic networks: From conceptual foundations to applications in metabolic engineering and biomedicine. Briefings in bioinformatics, 26(2), Artikel bbaf188. https://doi.org/10.1093/bib/bbaf188
Lázaro, J., Joven, T., Széliová, D., Zanghellini, J., & Júlvez, J. (2025). Multi-scale design and optimization of antibody production via flexible nets. Computational and Structural Biotechnology Journal, 27, 1498-1510. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.03.040
Széliová, D., Müller, S., & Zanghellini, J. (2024). Costs of ribosomal RNA stabilization affect ribosome composition at maximum growth rate. Communications Biology, 7(1), Artikel 196. https://doi.org/10.1038/s42003-024-05815-4
Schlögel, G., Lück, R., Kittler, S., Spadiut, O., Kopp, J., Zanghellini, J., & Gotsmy, M. (2024). Optimizing bioprocessing efficiency with OptFed: Dynamic nonlinear modeling improves product-to-biomass yield. Computational and Structural Biotechnology Journal, 23, 3651-3661. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.09.024
Gotsmy, M., Erian, A., Marx, H., Pflügl, S., & Zanghellini, J. (2024). Predictive dynamic control accurately maps the design space for 2,3-butanediol production. Computational and Structural Biotechnology Journal, 23, 3850-3858. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.10.016
Mildau, K., Büschl, C., Zanghellini, J., & Van Der Hooft, J. J. J. (2024). Combined LC-MS/MS feature grouping, statistical prioritization, and interactive networking in msFeaST. Bioinformatics, 40(10), Artikel btae584. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae584
Gotsmy, M., Giannari, D., Mahadevan, R., & Zanghellini, J. (2024). Optimizing Fed-Batch Processes with Dynamic Control Flux Balance Analysis. IFAC-PapersOnLine, 58(23), 109-114. https://doi.org/10.1016/j.ifacol.2024.10.019
Braun, G., Schaier, M., Werner, P., Theiner, S., Zanghellini, J., Wisgrill, L., Fyhrquist, N., & Koellensperger, G. (2024). MeXpose─A Modular Imaging Pipeline for the Quantitative Assessment of Cellular Metal Bioaccumulation. JACS Au, 4(6), 2197-2210. https://doi.org/10.1021/jacsau.4c00154
Zehetner, L., Széliová, D., Kraus, B., Hernandez Bort, J. A., & Zanghellini, J. (2024). Logistic PCA explains differences between genome-scale metabolic models in terms of metabolic pathways. PLoS Computational Biology, 20(6), Artikel e1012236. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1012236
Mildau, K., Ehlers, H., Oesterle, I., Pristner, M., Warth, B., Doppler, M., Bueschl, C., Zanghellini, J., & van der Hooft, J. J. J. (2024). Tailored Mass Spectral Data Exploration Using the SpecXplore Interactive Dashboard. Analytical Chemistry, 96(15), 5798-5806. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c04444
Predl, M., Mießkes, M., Rattei, T., & Zanghellini, J. (2024). PyCoMo: a python package for community metabolic model creation and analysis. Bioinformatics (Oxford, England), 40(4), Artikel btae153. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae153
Coltman, B. L., Rebnegger, C., Gasser, B., & Zanghellini, J. (2024). Characterising the metabolic rewiring of extremely slow growing Komagataella phaffii. Microbial Biotechnology, 17(1), Artikel e14386. https://doi.org/10.1111/1751-7915.14386
Lázaro, J., Júlvez, J., & Zanghellini, J. (2024). Flexible Nets to Improve GEM Cell Factories by Combining Kinetic and Proteomics Data. in R. Gori, P. Milazzo, & M. Tribastone (Hrsg.), Computational Methods in Systems Biology - 22nd International Conference, CMSB 2024, Proceedings (Band 14971, S. 137-154). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH. https://doi.org/10.1007/978-3-031-71671-3_11
Sedlmayr, V. L., Széliová, D., De Kock, V., Gansemans, Y., Van Nieuwerburgh, F., Peeters, E., Quehenberger, J., Zanghellini, J., & Spadiut, O. (2024). Impact of nutrient excess on physiology and metabolism of Sulfolobus acidocaldarius. Frontiers in Microbiology, 15, Artikel 1475385. https://doi.org/10.3389/fmicb.2024.1475385
Gotsmy, M., Strobl, F., Weiß, F., Gruber, P., Kraus, B., Mairhofer, J., & Zanghellini, J. (2023). Sulfate limitation increases specific plasmid DNA yield and productivity in E. coli fed-batch processes. Microbial Cell Factories, 22(1), Artikel 242. https://doi.org/10.1186/s12934-023-02248-2
Zehetner, L., Széliová, D., Kraus, B., Graninger, M., Zanghellini, J., & Hernandez Bort, J. A. (2023). Optimizing VLP production in gene therapy: Opportunities and challenges for in silico modeling. Biotechnology Journal, 18(7), Artikel 2200636. https://doi.org/10.1002/biot.202200636
Buchner, B., Clement, T. J., de Groot, D. H., & Zanghellini, J. (2023). ecmtool: fast and memory-efficient enumeration of elementary conversion modes. Bioinformatics (Oxford, England), 39(3), Artikel btad095. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad095

Hybrid models in bioprocess optimization

Libiseller-Egger, J. (Vortragende*r), Graf, A. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

25 Sept. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

The Geometry of Cooperation: decoding microbial Interactions

Zanghellini, J. (Vortragende*r), Stefan , M. (Autor*in), Predl, M. (Autor*in) & Szeliova, D. (Autor*in)

23 Sept. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

From Microbes to Interactions with PyCoMo – Tackling the Challenges in Community Metabolic Modelling

Predl, M. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Juli 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

OptFed: Advancing Bioprocess Control with Data-Driven Optimization

Schlögel, G. (Vortragende*r), Lück, R. (Autor*in), Kittler, S. (Autor*in), Spadiut, O. (Autor*in), Kopp, J. (Autor*in), Gotsmy, M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Juli 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Why do cells invest in compartmentalization? The thermodynamic benefits of mitochondria

Szeliova, D. (Vortragende*r), Klamt, S. (Autor*in), Bekiaris, P. S. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Juli 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Constraint-based modeling of microbial communities

Predl, M. (Invited speaker), Szeliova, D. (Autor*in), Stefan , M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

23 Juli 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Chemical crosslinking and quantitative mass spectrometry: Insights beyond distance information

Brandstetter, S. (Vortragende*r), Neuditschko, B. (Autor*in), Herzog, F. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

2 Apr. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Computational modeling of protein interactions using chemical crosslinking and mass spectrometry

Brandstetter, S. (Vortragende*r), Neuditschko, B. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in) & Herzog, F. (Autor*in)

2 Apr. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

OptFed: Advancing Bioprocess Control with Data-Driven Optimization

Schlögel, G. (Vortragende*r), Lück, R. (Autor*in), Kittler, S. (Autor*in), Spadiut, O. (Autor*in), Kopp, J. (Autor*in), Gotsmy, M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

2 Apr. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Modeling of AAV Production Processes using HEK293-specific GSMMs

Zehetner, L. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

24 März 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Chemical crosslinking and quantitative mass spectrometry: Insights beyond distance information

Brandstetter, S. (Vortragende*r), Neuditschko, B. (Autor*in), Herzog, F. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

5 Feb. 2025

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

The Metabolic Guide for Space Survival

Pulejkova, K. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

12 Dez. 2024

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Boosting biotechnological production process with constraint-based process modeling

Zanghellini, J. (Keynote speaker), Gotsmy, M. (Autor*in), Schlögel, G. (Autor*in) & Zehetner, L. (Autor*in)

19 Nov. 2024

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

VLP Production in Gene Therapy

Zanghellini, J. (Keynote speaker)

2 Okt. 2024

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Beyond exponential: exploring effective alternative feeding strategies in fed-batch fermentation

Graf, A. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

17 Sept. 2024

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Optimally designing multi-step fermentation processes

Zanghellini, J. (Invited speaker)

12 Apr. 2024

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Tailored mass spectral data exploration using the specXplore interactive dashboard

Mildau, K. (Vortragende*r), Ehlers, H. (Autor*in), Bueschl, C. (Autor*in), van der Hooft, J. J. J. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

16 Nov. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Innovating Biopharmaceutical Production: Maximization of Yield and Quality with Multi-Phase Fed-Batch Processes

Zanghellini, J. (Keynote speaker)

25 Sept. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Designing an optimal fed-batch process using a comprehensive differential equation model

Schlögel, G. (Vortragende*r), Gotsmy, M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

19 Sept. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Development of a genome-scale metabolic model tailored to a CHO fed-batch process platform

Hold, M. (Vortragende*r), Zehetner, L. (Autor*in), Dallinger, M. (Autor*in), Ruckerbauer, D. E. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

19 Sept. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Unmasking nature's collaborators: Computing all feasible compositions of microbial communities

Mießkes, M. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

19 Sept. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Are Ribosomes Made for Maximal Growth? Insights from Resource Balance Analysis

Szeliova, D. (Vortragende*r), Stefan , M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

24 Juli 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Sulfate limitation increases specific plasmid DNA yield in E. coli fed-batch processes

Gotsmy, M. (Vortragende*r), Strobl, F. (Autor*in), Weiß, F. (Autor*in), Gruber, P. (Autor*in), Kraus, B. (Autor*in), Mairhofer, J. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

24 Juli 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Sulfate limitation increases specific plasmid DNA yield

Zanghellini, J. (Keynote speaker)

5 Juli 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Does ribosome composition maximize growth rate? The role of RNA instability

Szeliova, D. (Vortragende*r), Stefan , M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Juni 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Unmasking Nature's Collaborators: Computation of all feasible compositions of microbial communities

Mießkes, M. (Vortragende*r) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Juni 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Visualizing cross-feeding interactions in community metabolic models

Predl, M. (Vortragende*r), Mießkes, M. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in) & Rattei, T. (Autor*in)

28 Juni 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

specXplore: An interactive dashboard for flexible exploration of mass spectral data

Mildau, K. (Vortragende*r), Ehlers, H. (Autor*in), Bueschl, C. (Autor*in), van der Hooft, J. J. J. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

1 Juni 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

specXplore: a tool for interactive and dynamic exploration of mass spectral embeddings and graphs

Mildau, K. (Vortragende*r), Ehlers, H. (Autor*in), Bueschl, C. (Autor*in), van der Hooft, J. J. J. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

30 März 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Carbon – Cycle Economy Demonstration (C-CED): operational concepts

Zanghellini, J. (Invited speaker)

14 März 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

An interactive workflow for single-cell multiplexed image analysis

Braun, G. (Vortragende*r), Schaier, M. (Autor*in), Schöberl, A. (Autor*in), Theiner, S. (Autor*in), Bueschl, C. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in) & Köllensperger, G. (Autor*in)

29 Jan. 2023

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Analyzing Optimal and Non-Optimal Resource Allocations in Whole-Cell Models

Szeliova, D. (Vortragende*r), Stefan , M. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

28 Sept. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

A human-in-the-loop workflow for single-cell multiplexed image analysis

Braun, G. (Keynote speaker), Schaier, M. (Autor*in), Schöberl, A. (Autor*in), Theiner, S. (Autor*in), Bueschl, C. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in) & Köllensperger, G. (Autor*in)

19 Sept. 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Implementation of a Genome-Scale Metabolic Model for Process Optimization of AAV-Production in HEK293 Cells

Zehetner, L. (Vortragende*r), Szeliova, D. (Autor*in), Kraus, B. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in) & Bort, J. A. H. (Autor*in)

13 Juni 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

If all you have is a hammer, everything looks like a nail: On the ubiquitous of elementary flux modes

Zanghellini, J. (Invited speaker)

23 Mai 2022

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Thermodynamic Genome-Scale Metabolic Modeling of Metallodrug Resistance in Colorectal Cancer

Zanghellini, J. (Invited speaker)

9 Dez. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

If all you have is a hammer, everything looks like a nail: On the ubiquitous of elementary flux modes

Zanghellini, J. (Invited speaker)

3 Dez. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Identification of linked metabolites allows a reliable and quantitative analysis of the finger sweat

Gotsmy, M. (Vortragende*r), Brunmair, J. (Autor*in), Bileck, A. (Autor*in), Slany, A. (Autor*in), Meier-Menches, S. M. (Autor*in), Gerner, C. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

23 Sept. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

PeakBot: Machine learning based chromatographic peak picking

Bueschl, C. (Vortragende*r), Doppler, M. (Autor*in), Varga, E. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

7 Sept. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Beyond metabolism

Zanghellini, J. (Invited speaker)

26 Aug. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Identification of Metabolic Pairs Allow a Reliable and Quantitative Analysis of the Finger Sweat Metabolome

Gotsmy, M. (Vortragende*r), Meier-Menches, S. M. (Autor*in), Gerner, C. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in), Brunmair, J. (Autor*in), Bileck, A. (Autor*in) & Slany, A. (Autor*in)

25 Juli 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Finger Sweat Analysis Enables Metabolic Biomonitoring in Humans

Brunmair, J. (Vortragende*r), Gotsmy, M. (Autor*in), Bileck, A. (Autor*in), Zanghellini, J. (Autor*in), Meier-Menches, S. M. (Autor*in) & Gerner, C. (Autor*in)

22 Juni 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Numerical simulation of microbial processes

Zanghellini, J. (Invited speaker)

14 Apr. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Improving Quantitative Genome-Scale Metabolic Modeling of CHO

Széliová, D. (Vortragende*r), Ruckerbauer, D. E. (Autor*in), Štor, J. (Autor*in), Iurashev, D. (Autor*in), Schöny, H. (Autor*in), Hanscho, M. (Autor*in), Hann, S. (Autor*in), Köllensperger, G. (Autor*in), Rocha, I. (Autor*in), Borth, N. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

1 März 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Reliable Quantitative Finger Sweat Metabolome Analysis

Gotsmy, M. (Vortragende*r), Brunmair, J. (Autor*in), Bileck, A. (Autor*in), Slany, A. (Autor*in), Meier-Menches, S. M. (Autor*in), Gerner, C. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

23 Feb. 2021

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Vom Nutzen und Nachteil von Netzwerken für das Leben

Zanghellini, J. (Invited speaker)

9 Okt. 2020

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Die Vermessung von CHO: Requirements for accurate FBA predictions

Zanghellini, J. (Invited speaker)

15 Juli 2020

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Cellular robustness is not a byproduct of environmental flexibility

Zanghellini, J. (Vortragende*r), Libiseller-Egger, J. J. (Autor*in), Coltman, B. L. (Autor*in) & Gerstl, M. P. (Autor*in)

13 Juli 2020

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Maintenance energy is essential for accurate predictions of intracellular fluxes in CHO

Széliová, D. (Vortragende*r), Ruckerbauer, D. E. (Autor*in), Štor, J. (Autor*in), Thiel, I. (Autor*in), Rocha, I. (Autor*in), Borth, N. (Autor*in) & Zanghellini, J. (Autor*in)

13 Juli 2020

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Predictive modelling of CHO requires high precision data

Zanghellini, J. (Invited speaker)

3 Juli 2020

Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science

Fungi in museums and collections: a novel, highly sensitive, AI powered sensor system for the early stage detection of fungal contaminations

Zanghellini, J. (Projektleiter*in), Sterflinger , K. (Co-Projektleiter*in) & Kellner , E. (Co-Projektleiter*in)

1/04/26 → 31/03/29

Projekt: Forschungsförderung

Circular Bioengineering

Köllensperger, G. (Projektleiter*in), Ludwig, R. (Co-Projektleiter*in), Bismarck, A. (Co-Projektleiter*in), Zanghellini, J. (Co-Projektleiter*in) & Woodward, R. (Co-Projektleiter*in)

1/12/24 → 30/11/29

Projekt: Forschungsförderung

Prokaryote proteomics at high temperature for single cells

Zanghellini, J. (Projektleiter*in)

1/01/24 → 31/12/27

Projekt: Forschungskooperation

Morpho-metabolischer Fingerabdruck von Ovarialkarzinom

Del Favero, G. (Projektleiter*in), Köllensperger, G. (Co-Projektleiter*in), Gerner, C. (Co-Projektleiter*in) & Zanghellini, J. (Co-Projektleiter*in)

15/09/22 → 14/09/26

Projekt: Forschungsförderung

Institut für Analytische Chemie

stv. Leiter

Sensengasse 8
1090 Wien

T: +43-1-4277-52306

juergen.zanghellini@univie.ac.at