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Univ.-Prof. Mag. Dr. Thomas Rattei

Sprechstunde: Bitte per e-Mail vereinbaren.


Bernard, C., Locard-Paulet, M., Noël, C., Duchateau, M., Giai Gianetto, Q., Moumen, B., Rattei, T., Hechard, Y., Jensen, L. J., Matondo, M., & Samba-Louaka, A. (2022). A time-resolved multi-omics atlas of Acanthamoeba castellanii encystment. Nature Communications, 13(1), [4104]. https://doi.org/10.1038/s41467-022-31832-0

Maixner, F., Sarhan, M. S., Huang, K. D., Tett, A., Schoenafinger, A., Zingale, S., Blanco-Míguez, A., Manghi, P., Cemper-Kiesslich, J., Rosendahl, W., Kusebauch, U., Morrone, S. R., Hoopmann, M. R., Rota-Stabelli, O., Rattei, T., Moritz, R. L., Oeggl, K., Segata, N., Zink, A., ... Kowarik, K. (2021). Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period. Current Biology, 31(23), 5149-5162. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.09.031


Hanson, B. T., Dimitri Kits, K., Löffler, J., Burrichter, A. G., Fiedler, A., Denger, K., Frommeyer, B., Herbold, C. W., Rattei, T., Karcher, N., Segata, N., Schleheck, D., & Loy, A. (2021). Sulfoquinovose is a select nutrient of prominent bacteria and a source of hydrogen sulfide in the human gut. The ISME Journal, 15(9), 2779-2791. https://doi.org/10.1038/s41396-021-00968-0

Lueftinger, L., Ferreira, I., Frank, B. J. H., Beisken, S., Weinberger, J., von Haeseler, A., Rattei, T., Hofstaetter, J. G., Posch, A. E., & Materna, A. (2021). Predictive Antibiotic Susceptibility Testing by Next-Generation Sequencing for Periprosthetic Joint Infections: Potential and Limitations. Biomedicines, 9(8), [910]. https://doi.org/10.3390/biomedicines9080910




Walliser, B., Lucaciu, C. R., Molitor, C., Marinovic, S., Nitarska, D. A., Aktas, D., Rattei, T., Kampatsikas, I., Stich, K., Haselmair-Gosch, C., & Halbwirth, H. (2021). Dahlia variabilis cultivar 'Seattle' as a model plant for anthochlor biosynthesis. Plant Physiology and Biochemistry, 159, 193-201. https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2020.12.016

Feldbauer, R., Gosch, L., Lüftinger, L., Hyden, P., Flexer, A., & Rattei, T. (2020). DeepNOG: Fast and accurate protein orthologous group assignment. Bioinformatics, 36(22-23), 5304-5312. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1051


Pascelli, C., Laffy, P. W., Botté, E., Kupresanin, M., Rattei, T., Lurgi, M., Ravasi, T., & Webster, N. S. (2020). Viral ecogenomics across the Porifera. Microbiome, 8(1), [144]. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00919-5


Esteves, F. G., Dos Santos-Pinto, J. R. A., Ferro, M., Sialana, F. J., Smidak, R., Rares, L. C., Nussbaumer, T., Rattei, T., Bilban, M., Bacci Júnior, M., Lubec, G., & Palma, M. S. (2020). Revealing the Venomous Secrets of the Spider's Web. Journal of Proteome Research, 19(8), 3044-3059. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00086

Reider, S. J., Moosmang, S., Tragust, J., Trgovec-Greif, L., Tragust, S., Perschy, L., Przysiecki, N., Sturm, S., Tilg, H., Stuppner, H., Rattei, T., & Moschen, A. R. (2020). Prebiotic Effects of Partially Hydrolyzed Guar Gum on the Composition and Function of the Human Microbiota-Results from the PAGODA Trial. Nutrients, 12(5), [1257]. https://doi.org/10.3390/nu12051257



Maixner, F., Thorell, K., Granehäll, L., Linz, B., Moodley, Y., Rattei, T., Engstrand, L., & Zink, A. (2019). Helicobacter pylori in ancient human remains. World journal of gastroenterology, 25(42), 6289-6298. https://doi.org/10.3748/wjg.v25.i42.6289

Tett, A., Huang, K. D., Asnicar, F., Fehlner-Peach, H., Pasolli, E., Karcher, N., Armanini, F., Manghi, P., Bonham, K., Zolfo, M., De Filippis, F., Magnabosco, C., Bonneau, R., Lusingu, J., Amuasi, J., Reinhard, K., Rattei, T., Boulund, F., Engstrand, L., ... Segata, N. (2019). The Prevotella copri Complex Comprises Four Distinct Clades Underrepresented in Westernized Populations. Cell Host & Microbe, 26(5), 666-679.e7. https://doi.org/10.1016/j.chom.2019.08.018

Large-scale prediction of phenotypic traits from metagenomic bins

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Mai 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Metagnome wide prediction of Type III secreted proteins

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Mai 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


VOGDB- Virus Orthologous Groups

Thomas Rattei (Vortragende*r)

5 März 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Genomics of uncultivable microbes

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Feb. 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Computational modeling and learning methods for metagenomics of microbial and viral communities

Thomas Rattei (Invited speaker)

31 Okt. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Computational modeling and learning methods for metagenomics of microbial and viral communities

Thomas Rattei (Invited speaker)

21 Jan. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Computational infrastructure in life sciences

Thomas Rattei (Vortragende*r)

16 Okt. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Die unbekannte Welt der MIkrobiome: Von der Umwelt zum Menschen

Thomas Rattei (Vortragende*r)

16 Aug. 201821 Aug. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Polyproteins: an obstacle for virus genome annotation

Thomas Rattei (Vortragende*r)

1 Mai 20184 Mai 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Microbiomes in high definition

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 März 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


2nd Meeting of the ATBI workgroup infrastructure and HPC

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 Feb. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Software Infrastructure for bioinformatics on LISC and VSC

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Feb. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


How many bioinformaticians does it take to make a product ?

Thomas Rattei (Invited speaker)

16 Nov. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


CUBE - Division of Computational Systems Biology

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Nov. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Viral Protein Families

Thomas Rattei (Invited speaker)

4 Sep. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Deciphering the microbiome

Thomas Rattei (Invited speaker)

28 Juli 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


CUBE-Division of Computational Systems Biolog<

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 Juni 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Large-scale prediction of microbial roles and traits

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Juni 20175 Juni 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Recent developments in bioinformatics in A and EU

Thomas Rattei (Vortragende*r)

23 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Viral Protein Families

Thomas Rattei (Invited speaker)

13 Mai 201720 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Challenges and recent approaches in viral metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

6 Mai 20179 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Microbiomes in high definition

Thomas Rattei (Invited speaker)

23 Feb. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Next Generation Bioinformatics for Genome-based Diagnostics

Thomas Rattei (Invited speaker)

7 Jan. 20179 Jan. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science



The Chlamydiae Genomes Reannotation Initiative.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

14 Okt. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Microbial genomes inside the mummy of the Iceman.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Sep. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics in Austria and ELIXIR.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

30 Juni 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


How clonal are bacterial infections?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

29 Apr. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks: computational approaches for studying host-microbe interactions.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

28 Apr. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The million genomes challenge: bioinformatics and HPC in microbial genomics.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

24 Feb. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbiomes: from genomes to structure and function.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Feb. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From gene-centric to genome-centric metagenomics: new computational approaches and tools

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 Dez. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Status update on the bioinformatics community in Austria

Thomas Rattei (Invited speaker)

21 Okt. 201523 Okt. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The future of microbial genomics: next-generation bioinformatics for millions of genomes

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Okt. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Mission accomplished? Critical evaluation of computational methods in metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

20 Sep. 201522 Sep. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks: computational approaches for studying microbe-host interactions.

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Juni 20153 Juni 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


CAMI-how to post it to the bench

Thomas Rattei (Invited speaker)

27 Mai 201529 Mai 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks; computational approaches for studying microbe-host interactions

Thomas Rattei (Invited speaker)

10 Mai 201512 Mai 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Chlamydia genomes re-annotation project

Thomas Rattei (Invited speaker)

29 März 20151 Apr. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for Biochemists

Thomas Rattei (Invited speaker)

25 März 201527 März 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Metagenomics is individual

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 März 201523 März 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for metagenomics and microbiome analyses

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Nov. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods for metagenomics and metatranscriptomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Nov. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The million genomes challenge

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Okt. 201418 Okt. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbiome analysis

Thomas Rattei (Invited speaker)

24 Sep. 201427 Sep. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Critical Assessment of Metagenomic Information

Thomas Rattei (Invited speaker)

23 Aug. 201430 Aug. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Wie beeinflussen die Gene unser Leben?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

15 Juli 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Crowdsourcing research

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Juli 201412 Juli 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Methods and infrastructures for post-processing of massive parallel data sets

Thomas Rattei (Invited speaker)

22 Juni 201426 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Me[GT]agenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

6 Juni 20147 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatische Verfahren zur Auswertung massiv paralleler Genomdaten

Thomas Rattei (Invited speaker)

15 Mai 201416 Mai 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Methods for Metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

8 Mai 20149 Mai 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial Host-Pathogen Interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Apr. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Angewandte Bioinformatik

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 März 201429 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Resources in Bioinformatics, Microbial Genomes

Thomas Rattei (Invited speaker)

22 März 201426 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Viral genomics and metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

6 März 20147 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


SIMAP - structuring the network of protein similarities

Thomas Rattei (Invited speaker)

9 Dez. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

27 Nov. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Mastering the data avalanche: bioinformatics in archaeal (meta-)genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

14 Nov. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico interpretation of microbial (meta-)genomes and ist improvement by proteomic data

Thomas Rattei (Invited speaker)

25 Sep. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods for microbial and environmental genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

17 Sep. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Comparative genomics and metagenomics of viruses

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 Juli 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Wie beeinflussen die Gene unser Leben?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Juli 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Krank durch unsere Gene?

Thomas Rattei (Invited speaker)

27 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Die unsichtbare Welt um uns

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

18 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for NGS: from data management and error correction to medical interpretation

Thomas Rattei (Vortragende*r)

22 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Invited speaker)

16 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbial ecology

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Mai 20135 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Me[GT]agenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Apr. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Databases and resources in Bioinformatics

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 März 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 März 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 Dez. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion

Thomas Rattei (Vortragende*r)

3 Dez. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for micro RNA expression analysis: from RNAseq data to regulatory networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Sep. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The Department of Computational Systems Biology

Thomas Rattei (Vortragende*r)

24 Juni 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Hochdimensionale Datenräume in Genomik und Metagenomik

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Mai 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The dynamic evolution of protein-protein interaction networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

31 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods in Next-Generation Sequencing

Thomas Rattei (Vortragende*r)

13 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The iceman metagenome

Thomas Rattei (Vortragende*r)

8 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational challenges in genomics and metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

27 Feb. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

2 Feb. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-Host metabolomics and interactomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

23 Jan. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

25 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion Key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-Host interactions: Role(s) of RNAs?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

29 Sep. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computer meets EB’s and RB’s Genomics and transcriptomics of Chlamydia pneumoniae

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Juli 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 Juni 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-host metabolomics and interactomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

28 März 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Genetic factors of C. pneumoniae tissue tropism

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 März 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Tools for the computational interpretation of microbial genomes

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Feb. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Jan. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computer-Modelle lebender Zellen: Realitaet oder Fiktion?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Nov. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational interpretation of genomes and metagenomes.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

8 Nov. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Fehlerquellen und Sequenzierungsqualitaet bei NGS.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

1 Okt. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico prediction of type 3 secreted proteins.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Sep. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Digital biology: from sequence analysis to computational systems biology.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

25 Juni 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Genome und Proteome als bioinformatische Herausforderung.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Mai 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbial (pan-)genomics and the investigation of pathogenic bacteria.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Apr. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The Department of Computational Systems Biology.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 März 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Pathogen-hostmetabolomics and interactomics.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

18 Jan. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Deciphering the microbiome: Large-scale prediction of mikrobial roles and traits

Thomas Rattei (Vortragende*r)

5 Okt. 0201

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science






Bakterien und Mikrovaskulatur

Rattei, T.

16/12/1416/12/17

Projekt: Forschungsförderung


Evol. u Funktion des Proteinseq

Rattei, T.

3/12/143/12/17

Projekt: Forschungsförderung


mRNAs von Viren

Rattei, T.

10/07/1328/02/18

Projekt: Forschungsförderung


MICDIF: Linking Microbial Diversity and Functions across Scales and Ecosystems

Richter, A., Battin, T., Daims, H., Wagner, M., Strauss, J., Sterflinger-Gleixner, K., Riedel, K., Eberl, L., Psenner, R., Zechmeister-Boltenstern, S., Jandl, R., Wanek, W., Obersteiner, M., Schmid, E., Schleper, C. & Rattei, T.

1/12/0630/11/09

Projekt: Forschungsförderung


Institut für Theoretische Chemie

Währinger Straße 17
1090 Wien

T: +43-1-4277-91280

thomas.rattei@univie.ac.at