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Univ.-Prof. Mag. Dr. Thomas Rattei

Sprechstunde: Bitte per e-Mail vereinbaren.

Maixner, F., Sarhan, M. S., Huang, K. D., Tett, A., Schoenafinger, A., Zingale, S., Blanco-Míguez, A., Manghi, P., Cemper-Kiesslich, J., Rosendahl, W., Kusebauch, U., Morrone, S. R., Hoopmann, M. R., Rota-Stabelli, O., Rattei, T., Moritz, R. L., Oeggl, K., Segata, N., Zink, A., ... Kowarik, K. (2021). Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period. Current Biology, 31, 5149-5162. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.09.031


Hanson, B. T., Dimitri Kits, K., Löffler, J., Burrichter, A. G., Fiedler, A., Denger, K., Frommeyer, B., Herbold, C. W., Rattei, T., Karcher, N., Segata, N., Schleheck, D., & Loy, A. (2021). Sulfoquinovose is a select nutrient of prominent bacteria and a source of hydrogen sulfide in the human gut. The ISME Journal, 15, 2779-2791. https://doi.org/10.1038/s41396-021-00968-0

Lueftinger, L., Ferreira, I., Frank, B. J. H., Beisken, S., Weinberger, J., von Haeseler, A., Rattei, T., Hofstaetter, J. G., Posch, A. E., & Materna, A. (2021). Predictive Antibiotic Susceptibility Testing by Next-Generation Sequencing for Periprosthetic Joint Infections: Potential and Limitations. Biomedicines, 9(8), [910]. https://doi.org/10.3390/biomedicines9080910




Walliser, B., Lucaciu, C. R., Molitor, C., Marinovic, S., Nitarska, D. A., Aktas, D., Rattei, T., Kampatsikas, I., Stich, K., Haselmair-Gosch, C., & Halbwirth, H. (2021). Dahlia variabilis cultivar 'Seattle' as a model plant for anthochlor biosynthesis. Plant Physiology and Biochemistry, 159, 193-201. https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2020.12.016




Esteves, F. G., Dos Santos-Pinto, J. R. A., Ferro, M., Sialana, F. J., Smidak, R., Rares, L. C., Nussbaumer, T., Rattei, T., Bilban, M., Bacci Júnior, M., Lubec, G., & Palma, M. S. (2020). Revealing the Venomous Secrets of the Spider's Web. Journal of Proteome Research, 19(8), 3044-3059. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00086

Reider, S. J., Moosmang, S., Tragust, J., Trgovec-Greif, L., Tragust, S., Perschy, L., Przysiecki, N., Sturm, S., Tilg, H., Stuppner, H., Rattei, T., & Moschen, A. R. (2020). Prebiotic Effects of Partially Hydrolyzed Guar Gum on the Composition and Function of the Human Microbiota-Results from the PAGODA Trial. Nutrients, 12(5), [1257]. https://doi.org/10.3390/nu12051257


Pascelli, C., Laffy, P. W., Botté, E., Kupresanin, M., Rattei, T., Lurgi, M., Ravasi, T., & Webster, N. S. (2020). Viral ecogenomics across the Porifera. Microbiome, 8(1), [144]. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00919-5


Maixner, F., Thorell, K., Granehäll, L., Linz, B., Moodley, Y., Rattei, T., Engstrand, L., & Zink, A. (2019). Helicobacter pylori in ancient human remains. World journal of gastroenterology, 25(42), 6289-6298. https://doi.org/10.3748/wjg.v25.i42.6289

Tett, A., Huang, K. D., Asnicar, F., Fehlner-Peach, H., Pasolli, E., Karcher, N., Armanini, F., Manghi, P., Bonham, K., Zolfo, M., De Filippis, F., Magnabosco, C., Bonneau, R., Lusingu, J., Amuasi, J., Reinhard, K., Rattei, T., Boulund, F., Engstrand, L., ... Segata, N. (2019). The Prevotella copri Complex Comprises Four Distinct Clades Underrepresented in Westernized Populations. Cell Host & Microbe, 26(5), P666-679.e7. https://doi.org/10.1016/j.chom.2019.08.018


Moeller, F. U., Webster, N. S., Herbold, C. W., Behnam, F., Domman, D., Albertsen, M., Mooshammer, M., Markert, S., Turaev, D., Becher, D., Rattei, T., Schweder, T., Richter, A., Watzka, M., Nielsen, P. H., & Wagner, M. (2019). Characterization of a thaumarchaeal symbiont that drives incomplete nitrification in the tropical sponge Ianthella basta. Environmental Microbiology, 21(10), 3831-3854. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14732

Large-scale prediction of phenotypic traits from metagenomic bins

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Mai 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Metagnome wide prediction of Type III secreted proteins

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Mai 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


VOGDB- Virus Orthologous Groups

Thomas Rattei (Vortragende*r)

5 März 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Genomics of uncultivable microbes

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Feb. 2020

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Computational modeling and learning methods for metagenomics of microbial and viral communities

Thomas Rattei (Invited speaker)

31 Okt. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Computational modeling and learning methods for metagenomics of microbial and viral communities

Thomas Rattei (Invited speaker)

21 Jan. 2019

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Computational infrastructure in life sciences

Thomas Rattei (Vortragende*r)

16 Okt. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Die unbekannte Welt der MIkrobiome: Von der Umwelt zum Menschen

Thomas Rattei (Vortragende*r)

16 Aug. 201821 Aug. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Polyproteins: an obstacle for virus genome annotation

Thomas Rattei (Vortragende*r)

1 Mai 20184 Mai 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Microbiomes in high definition

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 März 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


2nd Meeting of the ATBI workgroup infrastructure and HPC

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 Feb. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Software Infrastructure for bioinformatics on LISC and VSC

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Feb. 2018

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


How many bioinformaticians does it take to make a product ?

Thomas Rattei (Invited speaker)

16 Nov. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


CUBE - Division of Computational Systems Biology

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Nov. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Viral Protein Families

Thomas Rattei (Invited speaker)

4 Sep. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Deciphering the microbiome

Thomas Rattei (Invited speaker)

28 Juli 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


CUBE-Division of Computational Systems Biolog<

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 Juni 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Public


Large-scale prediction of microbial roles and traits

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Juni 20175 Juni 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Recent developments in bioinformatics in A and EU

Thomas Rattei (Vortragende*r)

23 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Viral Protein Families

Thomas Rattei (Invited speaker)

13 Mai 201720 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Challenges and recent approaches in viral metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

6 Mai 20179 Mai 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Microbiomes in high definition

Thomas Rattei (Invited speaker)

23 Feb. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science


Next Generation Bioinformatics for Genome-based Diagnostics

Thomas Rattei (Invited speaker)

7 Jan. 20179 Jan. 2017

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science



The Chlamydiae Genomes Reannotation Initiative.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

14 Okt. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Microbial genomes inside the mummy of the Iceman.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Sep. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics in Austria and ELIXIR.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

30 Juni 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


How clonal are bacterial infections?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

29 Apr. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks: computational approaches for studying host-microbe interactions.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

28 Apr. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The million genomes challenge: bioinformatics and HPC in microbial genomics.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

24 Feb. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbiomes: from genomes to structure and function.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Feb. 2016

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From gene-centric to genome-centric metagenomics: new computational approaches and tools

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 Dez. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Status update on the bioinformatics community in Austria

Thomas Rattei (Invited speaker)

21 Okt. 201523 Okt. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The future of microbial genomics: next-generation bioinformatics for millions of genomes

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Okt. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Mission accomplished? Critical evaluation of computational methods in metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

20 Sep. 201522 Sep. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks: computational approaches for studying microbe-host interactions.

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Juni 20153 Juni 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


CAMI-how to post it to the bench

Thomas Rattei (Invited speaker)

27 Mai 201529 Mai 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


From genomes to networks; computational approaches for studying microbe-host interactions

Thomas Rattei (Invited speaker)

10 Mai 201512 Mai 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Chlamydia genomes re-annotation project

Thomas Rattei (Invited speaker)

29 März 20151 Apr. 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for Biochemists

Thomas Rattei (Invited speaker)

25 März 201527 März 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Metagenomics is individual

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 März 201523 März 2015

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for metagenomics and microbiome analyses

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Nov. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods for metagenomics and metatranscriptomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Nov. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The million genomes challenge

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Okt. 201418 Okt. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbiome analysis

Thomas Rattei (Invited speaker)

24 Sep. 201427 Sep. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Critical Assessment of Metagenomic Information

Thomas Rattei (Invited speaker)

23 Aug. 201430 Aug. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Wie beeinflussen die Gene unser Leben?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

15 Juli 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Crowdsourcing research

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Juli 201412 Juli 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Methods and infrastructures for post-processing of massive parallel data sets

Thomas Rattei (Invited speaker)

22 Juni 201426 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Me[GT]agenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

6 Juni 20147 Juni 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatische Verfahren zur Auswertung massiv paralleler Genomdaten

Thomas Rattei (Invited speaker)

15 Mai 201416 Mai 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational Methods for Metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

8 Mai 20149 Mai 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial Host-Pathogen Interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Apr. 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Angewandte Bioinformatik

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 März 201429 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Resources in Bioinformatics, Microbial Genomes

Thomas Rattei (Invited speaker)

22 März 201426 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Viral genomics and metagenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

6 März 20147 März 2014

Aktivität: VorträgeVortragAndere


SIMAP - structuring the network of protein similarities

Thomas Rattei (Invited speaker)

9 Dez. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

27 Nov. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Mastering the data avalanche: bioinformatics in archaeal (meta-)genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

14 Nov. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico interpretation of microbial (meta-)genomes and ist improvement by proteomic data

Thomas Rattei (Invited speaker)

25 Sep. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods for microbial and environmental genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

17 Sep. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Comparative genomics and metagenomics of viruses

Thomas Rattei (Invited speaker)

26 Juli 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Wie beeinflussen die Gene unser Leben?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Juli 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Krank durch unsere Gene?

Thomas Rattei (Invited speaker)

27 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Die unsichtbare Welt um uns

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

18 Juni 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for NGS: from data management and error correction to medical interpretation

Thomas Rattei (Vortragende*r)

22 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion- key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Invited speaker)

16 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbial ecology

Thomas Rattei (Invited speaker)

1 Mai 20135 Mai 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Me[GT]agenomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

19 Apr. 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Databases and resources in Bioinformatics

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 März 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial Genomics

Thomas Rattei (Invited speaker)

3 März 2013

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 Dez. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion

Thomas Rattei (Vortragende*r)

3 Dez. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for micro RNA expression analysis: from RNAseq data to regulatory networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Sep. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The Department of Computational Systems Biology

Thomas Rattei (Vortragende*r)

24 Juni 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Hochdimensionale Datenräume in Genomik und Metagenomik

Thomas Rattei (Vortragende*r)

10 Mai 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The dynamic evolution of protein-protein interaction networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

31 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational methods in Next-Generation Sequencing

Thomas Rattei (Vortragende*r)

13 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The iceman metagenome

Thomas Rattei (Vortragende*r)

8 März 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational challenges in genomics and metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

27 Feb. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for metagenomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

2 Feb. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-Host metabolomics and interactomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

23 Jan. 2012

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

25 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bacterial protein secretion Key factor in host-pathogen interactions

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 Nov. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-Host interactions: Role(s) of RNAs?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

29 Sep. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computer meets EB’s and RB’s Genomics and transcriptomics of Chlamydia pneumoniae

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Juli 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

21 Juni 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Pathogen-host metabolomics and interactomics

Thomas Rattei (Vortragende*r)

28 März 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Genetic factors of C. pneumoniae tissue tropism

Thomas Rattei (Vortragende*r)

20 März 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Tools for the computational interpretation of microbial genomes

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Feb. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Microbial (meta-)genomics: From sequence analysis to complex networks

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Jan. 2011

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computer-Modelle lebender Zellen: Realitaet oder Fiktion?

Thomas Rattei (Vortragende*r)

11 Nov. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Computational interpretation of genomes and metagenomes.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

8 Nov. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Fehlerquellen und Sequenzierungsqualitaet bei NGS.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

1 Okt. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


In silico prediction of type 3 secreted proteins.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

17 Sep. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Digital biology: from sequence analysis to computational systems biology.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

25 Juni 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Genome und Proteome als bioinformatische Herausforderung.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

7 Mai 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Bioinformatics for microbial (pan-)genomics and the investigation of pathogenic bacteria.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

19 Apr. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


The Department of Computational Systems Biology.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

12 März 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere



Pathogen-hostmetabolomics and interactomics.

Thomas Rattei (Vortragende*r)

18 Jan. 2010

Aktivität: VorträgeVortragAndere


Deciphering the microbiome: Large-scale prediction of mikrobial roles and traits

Thomas Rattei (Vortragende*r)

5 Okt. 0201

Aktivität: VorträgeVortragScience to Science






Bakterien und Mikrovaskulatur

Rattei, T.

16/12/1416/12/17

Projekt: Forschungsförderung


Evol. u Funktion des Proteinseq

Rattei, T.

3/12/143/12/17

Projekt: Forschungsförderung


mRNAs von Viren

Rattei, T.

10/07/1328/02/18

Projekt: Forschungsförderung


MICDIF: Linking Microbial Diversity and Functions across Scales and Ecosystems

Richter, A., Battin, T., Daims, H., Wagner, M., Strauss, J., Sterflinger-Gleixner, K., Riedel, K., Eberl, L., Psenner, R., Zechmeister-Boltenstern, S., Jandl, R., Wanek, W., Obersteiner, M., Schmid, E., Schleper, C. & Rattei, T.

1/12/0630/11/09

Projekt: Forschungsförderung


Institut für Theoretische Chemie

Währinger Straße 17
1090 Wien

T: +43-1-4277-91280

thomas.rattei@univie.ac.at